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我们花费了一整天的时间通关，游戏的剧情非常出色，给人一种在看大片的感觉。然而，由于涉及到时间旅行的设计，剧情很容易让人迷惑。因此，我整理了游戏的时间线，希望能帮助大家更好地理解剧情。

游戏刚开始时，主角坠落到Kartoga-12岛上，此时的岛屿处在正常的时间线中。由于1950年的奇点爆炸（游戏背景中有介绍），D博士（也称将军）在火灾中丧生，B博士因为失去D博士的帮助，未能发明TMD。加上奇点的出现，苏联放弃了对E99的开发，并将小岛封存。因此，这个时候的小岛上既没有怪物，也没有MIA12的士兵，更没有奇点反应炉的光柱。而主角在此时进入了K12研究院的废墟（需要注意一个细节，斯大林头像背后的沙盘后面只是一堵墙）。随后奇点爆炸，主角穿越时空来到1950年的研究院，救下了身处火海中的D博士（将军），这导致时间线在1950年发生了重大转折。当主角再次回到2010年时，整个小岛已经发生了变化。由于D博士在火灾中幸存，对E99元素的研究未曾中断（记得之前提到的沙盘后面的墙，现在变成了一扇门，这表明1950年火灾后研究院没有被废弃，而是继续扩建）。在D博士的帮助下，B博士于1955年发明了TMD。D博士意识到TMD的价值，企图独占这项发明。由于B博士拒绝交出TMD，D博士发动政变，占领了小岛并杀死了B博士。没有得到TMD的D博士转向其他研究，独自开发了E99炸弹并将奇点改造成了反应炉，他还试图利用E99改造人体以创造超级士兵，结果却制造出了各种怪物。

当主角从1950年返回到被改变的2010年时，发现小岛上充斥着怪物、MIA12的士兵，以及之前不存在的反应炉光柱。主角的任务从调查小岛变成了阻止反应炉的爆炸。在前往反应炉的路上，主角被MIA12的将军（D博士）俘虏，将军要求他交出TMD，而主角对此一无所知。就在将被处决的危急关头，女主角救下了他，并向他展示了一本预言书，书中写道主角将会获得TMD并返回1955年救下B博士以阻止将军。于是，主角在预言书的指引下获得了TMD，并按照命运的安排回到1955年救下B博士。在B博士的指挥下，他在1955年和2010年之间穿梭，收集物品，升级TMD，并顺便对抗小怪兽和新旧士兵。最终，他一路跌跌撞撞地来到了反应炉，并将E99炸弹带到反应炉未崩溃的时代引爆，以阻止反应炉的崩溃。然而，当主角回到现代时，发现反应炉仍然濒临崩溃。转身一看，发现将军出现在B博士身旁。经过一番对话，主角才意识到一切的起因是他在1950年火场中救下了将军。要结束这一切，他必须回到1950年，杀掉当初救下将军的自己。

故事进入尾声，根据玩家做出的选择，游戏有3个结局和1个无限轮回：如果你杀死了B博士，你将帮助将军修复E99反应炉，并与他一起利用TMD征服世界。MIA12先后击败苏联，然后吞并全球。最终，将军认为主角功高盖主，于是在被征服的美国开发自己的TMD，世界进入了新的冷战局面。如果你杀掉了将军和博士，那么无人能阻止反应炉的爆炸，这次爆炸摧毁了阿拉斯加和西伯利亚。MIA12的残余人员四处寻找杀害将军的凶手（主角），E99的扩散导致怪物大幅增加，最终毁灭了美国和苏联。主角在杀掉博士和将军后消失，后来在被摧毁的美国出现了一位救世主，据说他是拥有“神之手”的男人。

最后一种结局与无限轮回是同时存在的。主角杀死了将军，然后回到了1950年的火海，看到自己正背着D博士（将军）。这时有两个选择：不开枪，那么现在的主角死在火海，而过去的主角将重复经历的一切，进入无限的轮回；开枪杀死自己，就会发现自己出现在未登上小岛前的直升机上。此时，基地传来通讯，取消了对小岛的探查任务，一切似乎都结束了，时间回到了正常轨道。等等，似乎遗漏了什么，你发现海上的雕像从拿镰刀的手变成了B博士装着TMD的雕像，你所在编队的直升机打着苏联的LOGO，你的队友使用的武器从美式变成了AR9突击步枪。从这一切可以推测，时间线并没有回到正常，而是在1950年发生了永久性的改变。在你杀死自己之后发生了什么，游戏没有交代。根据结局的细节，我推测可能是最后D博士没有死亡，而是身负重伤。因为当主角杀死自己的时候，D博士已经被过去的主角从那个致命的境地中救了出来，后来可能因为受伤，D博士没能控制全岛，B博士成为了E99研究项目的主管，最终开发出TMD帮助苏联掌控了全世界。因此，在这个结局中，我们看到了苏联LOGO的直升机、AR9突击步枪和B博士的雕像。结果，这个游戏的三个结局都只能让你摆脱无限的循环，却无法将时间线修复至正常。